洁净室主要应用领域包括电子、制药、生物工程、医疗卫生、食品、实验室和等行业。洁净技术广泛应用于各行各业或其他要求防止粒子污染、微生物污染的环境控制，由于各行业间差距较大，且要求不同，因此控制环境的内容、指标均不相同。洁净室工程属于生产辅助型工程，是制造不可或缺的一部分。新建洁净厂房可以分为工程设计、土建施工、洁净室施工3个环节。
由于技术原因和制造工序的复杂程度高，集成电路制造是对洁净度整体要求高的行业。集成电路由于技术的复杂程度与日俱增，对于空气洁净度的要求也越来越高，重要工艺区需保持1-4级的洁净度。而其他大部分行业比如食品制造，药品，医学等行业对洁净度的要求大多在5-9级，远低于集成电路和新型显示对洁净度的要求。随着技术的进步，集成电路对洁净度的要求越来越高。
和其他产业不同，集成电路产业链几乎所有环节都需要在洁净室内完成，从单晶硅片制造，到IC制造的几乎所有环节，到IC封装都需要在洁净室中完成，且对于洁净度的要求非常高。如，14纳米工艺中7纳米的微粒就会影响制造过程。集成电路制造过程需要的洁净程度越来越高，对于洁净室工程的技术提出越来越高的要求。洁净室工程是集成电路制造环节中重要的一环，直接决定了终产品的成败。
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